當公司發生買賣糾紛，通知對方解除契約、沒收定金作為違約金，縱使對方仍有爭執，但稽徵機關都以買賣契約中已有違約金之約定，且公司已通知對方解除契約沒收定金，則該違約金收入已實現，公司於通知年度即須申報課稅，否則即屬漏報所得，應予補稅及處罰；未來如因判決或和解而返還全部或部分定金，亦僅得於以後年度列報損失問題，而與該違約金收入業於通知年度實現無涉，形成違約金收入仍有爭執，但公司須先繳稅之不合理情況。

KPMG安侯建業稅務投資部黃素貞執業會計師表示，公司組織營利事業按所得稅法第22條規定應採用權責發生制度，商業會計法第10條第2項規定：「所謂權責發生制，係指收益於確定應收時，費用於確定應付時，即行入帳。決算時收益及費用，並按其應歸屬年度作調整分錄。」惟何謂「確定應收」、「確定應付」仍屬不確定之法律概念，需就具體個案事實特徵認定之。就學理上而言，「權責發生制」乃是以「收入」之認列為核心，以「特定經濟資源」符合「已實現」及「已賺得」之二要件後，應認列該企業之所得。其中「已實現」要件，除了包括對經濟資源之終局性占有支配外，也包括在法律上取得給付請求權之情形。而在「已賺得」之定義則是指該筆「已實現」之經濟資源，其對應之成本費用已支付或已耗用。而已實現或可實現之判斷，必須重視其「終局性」與「確定性」，惟客觀上確定與否，應由編制財務報表財務報表之企業依據財務會計準則之規定，自為判斷決定，但需受到簽證會計師之查核。除非有財稅差異之情況下，依營利事業所得稅查核準則第2條第2項之規定，經簽證查核後之財務報表記載內容，原則上即是企業營利所得稅之事實基礎。

黃素貞提醒，當營利事業發生買賣糾紛時，應留存相關資料，包含往來文件、會議會商紀錄、法律訴訟等文件，注意帳務處理及申報相關事宜，並與會計師充分討論相關問題會計及稅務處理方式。行政救濟已非解決稅務爭議的唯一途徑，納稅人其實可以透過事前交易之規劃，及事後面臨稅務查核時與稅局的有效溝通，化繁為簡，減輕、管控與及時解決相關稅務爭議問題。