鑑於網路交易蓬勃發展，利用網路或其他電子方式提供，由消費者以網路傳輸下載儲存至電腦設備或行動裝置運用，或未儲存而以線上服務、視訊瀏覽、音頻廣播、互動式溝通、遊戲等電子勞務交易型態日益普及，此類交易營業稅之課徵，依新修正之「加值型及非加值型營業稅法」第2條之1條規定，自本(106)年5月1日起，在中華民國境內無固定營業場所之境外業者，銷售電子勞務予我國境內自然人，應透過平台向主管稽徵機關辦理簡易稅籍登記及報繳營業稅。

截至106年7月31日止，已有47家包括如Uber、Agoda、Amazon等大型跨境電商已辦妥稅籍登記。對此營業稅新制，安侯建業聯合會計師事務所稅務投資部副營運長陳志愷表示，係符合當今世界各國有關加值稅的立法趨勢及潮流，且已打破傳統以「固定營業場所」認定營業稅報繳主體之觀念，俾使從事相同業務經營之本國及外國業者能處於稅負相當的公平競爭地位。

至於跨境電商業者銷售電子勞務之所得稅課徵議題，陳志愷表示基於營業稅與所得稅之課徵原理及標準不同，目前財政部並未專門針對跨境銷售電子勞務之所得稅課徵訂定規範。有關所得稅課徵，仍依財政部940505台財稅字第09404532300號令「網路交易課徵營業稅及所得稅規範」有關規定。該規範將提供網路交易之業者，依其在中華民國境內有無固定營業場所及營業代理人而異其課稅範圍及報繳程序。在中華民國境內無固定營業場所及營業代理人之業者，僅就銷售予境內買受人所取得之收入，依其中華民國來源所得按所得稅法規定課徵所得稅。

安侯法律事務所律師林陣蒼也提到，營利事業之所得稅課徵係以收入扣除必要成本及費用之淨額為原則，跨境電商之成本及費用發生地在國外居多，認定上會有困難。為稽徵經濟之考量，或可參考現行所得稅法第25條之規範旨意，以其營業收入之一定比率為所得額課稅。此外，跨境電子勞務交易可能跨越境內、外，其型態多樣複雜，歸屬於中華民國來源所得之多寡應如何認定，或可依行業別訂定境內、外整段交易流程之總利潤，再依發生在我國境內之交易流程對總利潤之貢獻程度，計算其中華民國來源所得。