Część sądów administracyjnych od pewnego czasu prezentuje stanowczy pogląd, zgodnie z którym każde zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej wydawane jest na wykonywanie ściśle określonego rodzaju działalności prowadzonej w obrębie konkretnej specjalnej strefy ekonomicznej (dalej: SSE). Zgodnie z tym stanowiskiem, dla określonego zezwolenia (działalności gospodarczej) ustalane są limity dopuszczalnej pomocy, tj. maksymalna intensywność udzielanej pomocy – a więc wykazując dochody podlegające zwolnieniu z tytułu prowadzenia działalności na terenie SSE podatnik, posiadający kilka zezwoleń, zobowiązany jest odrębnie obliczać przychody i koszty dla działalności prowadzonej w oparciu o konkretne zezwolenie. W ostatnim czasie taką linię interpretacyjną przepisów przyjął m.in. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu, wskazując w uzasadnieniu ustnym swojego wyroku z dnia 26 lipca 2017 r. (sygn. I SA/Po 1355/16), iż podatnik zobowiązany jest do prowadzenia ewidencji spełniającej wymogi art. 9 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (dalej: Ustawa CIT), czyli w sposób umożliwiający zapewnienie odrębnego ustalania osiągniętego dochodu lub poniesionej straty w odniesieniu do każdego z posiadanych zezwoleń. Podobnie ten sam sąd wskazał w orzeczeniu wydanym 2 lutego 2017 r. (sygn. I SA/Po 850/16), uznając, że obowiązkiem podatnika jest prowadzenie ewidencji rachunkowej w sposób umożliwiający osobne określenie dochodu dla każdego z rodzajów działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy na podstawie osobnego zezwolenia. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu wskazał, iż jest to konieczne dla prawidłowego zastosowania art. 17 ust. 1 pkt 34 Ustawy CIT.

Co ciekawe, ten sam sąd, częściowo nawet w tym samym składzie, w innym orzeczeniu, wydanym 5 kwietnia 2017 r., sygn. I SA/Po 1303/16, podzielił w pełni stanowisko podatnika odwołującego się od niekorzystnej dla niego interpretacji przepisów podatkowych wydanej przez organy podatkowe, wskazując, iż dla celów obliczania dochodu opodatkowanego podatkiem dochodowym od osób prawnych (straty) oraz dochodu (straty) uzyskanego z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE na podstawie zezwoleń, podatnik będzie mógł prowadzić jedną wspólną ewidencję dla działalności zwolnionej prowadzonej na podstawie wszystkich posiadanych przez niego zezwoleń oraz odrębną ewidencję dla działalności podlegającej opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób prawnych. Co więcej, WSA w Poznaniu w orzeczeniu tym powołał się na fakt, iż poglądy te były „wielokrotnie wyrażane w aktualnym i jednolitym orzecznictwie sądów administracyjnych”, wymieniając m.in. wyrok WSA we Wrocławiu z dnia 16 czerwca 2016 r., sygn. I SA/Wr 447/16; wyrok WSA w Łodzi z dnia 26 października 2016 r., sygn. I SA/Łd 646/16, sygn. I SA/Go 314/16, wyrok WSA w Gliwicach z dnia 7 marca 2017 r., sygn. I SA/Gl 1194/16 oraz wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 19 lipca 2016 r., o sygn. akt II FSK 1849/14.
 

Brak ugruntowanego poglądu na kwestię prawidłowego prowadzenia ewidencji rachunkowej dla potrzeb podatku dochodowego przez podatników korzystających z więcej niż jednego zezwolenia strefowego również wśród organów podatkowych. Do roku 2015 stanowisko to było jednolite i potwierdzało pogląd przyjmowany przez podatników, iż prowadzenie przez spółkę działalności gospodarczej na terenie SSE w oparciu o dwa lub więcej zezwoleń nie skutkuje po jej stronie obowiązkiem prowadzenia ewidencji rachunkowej odrębnie dla każdego z tych zezwoleń (por. np. interpretacja indywidualna Dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy z 21 sierpnia 2014 r., sygn. akt ITPB3/423-228a/14/PST). Następnie można było zaobserwować całkowitą zmianę stanowiska organów podatkowych. Przykładowo Dyrektor Izby Skarbowej w Katowicach w interpretacji indywidualnej wydanej 15 czerwca 2016 r., znak IBPB-1-3/4510-436/16/JKT, wskazał, że jeżeli przedsiębiorca będzie prowadzić działalność na terenie strefy, zobowiązany będzie do prowadzenia ewidencji w sposób umożliwiający zapewnienie odrębnego ustalania osiągniętego dochodu lub poniesionej straty w odniesieniu do każdego z posiadanych zezwoleń. Podobnie wskazywał Minister Rozwoju i Finansów, zmieniając z urzędu wydane wcześniej interpretacje indywidualne (por. interpretacja indywidualna Ministra Finansów z dnia 7 grudnia 2015 r., znak DD10.8221.142.2015.MZB oraz z dnia 8 grudnia 2015 r., znak DD10.8221.199.2015.MZB). Jednak w ostatnim czasie stanowisko konsekwentnie przyjmowane od 2015 r. przez organy wydające interpretacje indywidualne przepisów prawa podatkowego przestało być jednorodne – pojawiły się bowiem ponownie rozstrzygnięcia korzystne dla podatników, negujące konieczność prowadzenia odrębnych ewidencji rachunkowych dla poszczególnych zezwoleń strefowych (por. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w interpretacjach wydanych w dniu 11 maja 2017 r., znak 0111-KDIB1-3.4010.53.2017.1.JKT oraz 3 lipca 2017 r., znak 0111-KDIB1-3.4010.150.2017.1.JKT).

Wątpliwości, jakie pojawiły się z związku z zupełnie różnym sposobem wykładni przepisów podatkowych w zakresie ewidencji rachunkowej podatników prowadzących działalność w strefie na podstawie dwóch i więcej zezwoleń nie zdołały rozstrzygnąć nawet dwa dotychczasowe orzeczenia Naczelnego Sądu Administracyjnego w tym zakresie: wskazany wyżej wyrok z dnia 19 lipca 2016 r., o sygn. akt II FSK 1849/14 oraz kolejny, z dnia 8 listopada 2016 r., sygn. II FSK 2230/14 – oba zgodnie wskazujące, iż brak jest przepisów nakładających na podatnika obowiązek wyodrębnienia i przyporządkowania dochodu odpowiednio do każdego posiadanego zezwolenia.

Na tle tak licznych rozbieżności interpretacyjnych, wnikliwej analizie poddać należy przepisy regulujące obowiązki podatników, prowadzących działalność na terenie SSE. Mając na uwadze powyższe należy więc wskazać, iż zarówno wykładnia literalna, jak i celowościowa przepisów art. 9 ust. 1 Ustawy CIT oraz § 5 ust. 5 Rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 10 grudnia 2008 r. w sprawie pomocy publicznej udzielanej przedsiębiorcom działającym na podstawie zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej na terenach SSE, w przypadku prowadzenia działalności na terenie SSE i poza terenem SSE, nakazuje jedynie prowadzenie odrębnej ewidencji rachunkowej dla działalności zwolnionej oraz działalności nieobjętej zwolnieniem. Natomiast brak jest podstaw prawnych do wyodrębniania dochodu osiąganego w ramach poszczególnych zezwoleń strefowych, jako że dochód ten korzysta w całości ze zwolnienia. Wartym podkreślenia jest fakt, że przepisy podatkowe należy intepretować ściśle, respektując zasadę in dubio pro tributario. Interpretując ustawy podatkowe w jej kontekście należy wskazać, iż zarówno w treści przepisów Ustawy CIT, jak również przepisów o SSE, brak jest regulacji, które nakładałyby na podatnika obowiązek prowadzenia odrębnej ewidencji dla poszczególnych rodzajów działalności gospodarczej, na które zostały wydane odrębne zezwolenia strefowe.

Również ze względu na brzmienie art. 7 ust. 1 i 2 oraz art. 7 ust. 3 pkt 1 i 3 Ustawy CIT, wskazujących, że podatnik w celu ustalenia podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym zobowiązany jest jedynie wyłączyć odpowiednio przychody oraz koszty działalności strefowej, prowadzona przez niego ewidencja powinna umożliwić wyłącznie ustalenie tych wartości. A contrario, nie ma zatem potrzeby ustalania tych wartości przypadających odpowiednio na każde zezwolenie, a twierdzenie przeciwne jest błędem co do wykładni.

Wobec powyższego przeciwne stanowisko niektórych organów podatkowych i sądów administracyjnych nie znajduje uzasadnienia. Mając na względzie pozytywne jak dotąd dla podatników orzecznictwo NSA w tym zakresie, należy mieć nadzieję, iż podatnicy uzyskają w końcu jednoznaczną odpowiedź, czy rozwijając swoje przedsiębiorstwo i działając na podstawie więcej niż jednego zezwolenia powinni prowadzić jedną, czy też odrębne ewidencje dla poszczególnych zezwoleń.
 

Krzysztof Szwaja, starszy konsultant w dziale doradztwa podatkowego, biuro w Katowicach